Autoritățile statului, urmând un scenariu bine pus la punct, l-au ademenit și l-au arestat pe Márton Áron (aproape concomitent cu acesta, la 26 iunie l-au reținut și pe episcopul greco-catolic Anton Durcovici). Procesul de fațadă s-a ținut doar la sfârșitul lui iulie 1951, iar la data de 6 august a aceluiași an s-a dat sentința, în lipsa inculpatului: condamnare la zece ani de închisoare și muncă silnică pe viață, cu interzicerea drepturilor politice pentru complot și trădare de țară. Trecut prin bine cunoscutele închisori ale României s-a eliberat la începutul lui 1955. Începând cu anul 1957 a fost pus sub arest la domiciliu în urma turneului de mirungere susținut în 1956–1957, la care au participat mase de credincioși. De la acel moment nu i s-a mai permis să părăsească palatul episcopal și catedrala din Alba Iulia. De la mijlocul anilor ’60 reglementările privind arestul la domiciliu au fost atenuate treptat, astfel că a avut posibilitatea să meargă de patru ori la Roma și să rezolve problema urmașului în funcția de episcop. În ultimii ani ai vieții a trăit retras, fiind bolnav și având o vârstă înaintată ceruse de mai multe ori aprobare de la Sfântul Scaun pentru a demisiona, încuviințarea i-a fost dată doar în anul 1980, anul trecerii sale în neființă. Posteritatea îl consideră drept una dintre cele mai mari personalități disidente din istoria comunismului românesc care a fost în permanență în vizorul securității statului. Dosarele sale de urmărire însumează aproximativ optzeci de mii de pagini, prelucrarea și publicarea lor se află în curs.